Desa Babatan asal mulanya merupakan sebuah Kampung Babakan dari Desa Kadugede. Pada tahun 1936 Kampung Babakan memisahkan diri dari Desa Kadugede menjadi Desa Babatan dibawah kepemimpinan Bapak Kuwu Israf selama 1 (satu) tahun dan bergabung lagi dengan Desa Kadugede sampai dengan tahun 1946.
Pada tanggal 29 Januari 1946 memisahkan diri lagi dari Desa Kadugede yang di pimpin oleh Bapak Kuwu Asmawijaya. Desa Babatan sekarang mempunyai 2 (dua) dusun dan 8 (delapan) RT dengan luas wilayah 35,397 Ha.
Desa Babatan memiliki sebuah situs sejarah yaitu Pemakaman Syeh Maulana Mansyur atau lebih dikenal adalah Pangeran Lautan, nama Pangeran Lautan dijadikan nama wilayah yang berlokasi di RT. 08 RW. 02 Dusun Kaliwon Desa Babatan Wilayah Cilaut. Berdirinya Desa Babatan pada waktu itu memiliki jumlah penduduk 450 jiwa.
Masa pemerintahan Desa Babatan dari tahun 1936 sampai dengan tahun 2014 telah terjadi 14 kali pergantian kepemimpinan terdiri dari 9 Kepala Desa / Kuwu dan 5 kali oleh Pejabat Kepala Desa atau Pejabat Sementara. Letak lokasi Kantor Pemerintahan sejak tahun 1936 sampai dengan tahun 2003 berada di tengah lingkungan pemukiman tepatnya di wilayah RT. 03/01 Dusun Pahing Desa Babatan dan sejak tahun 2003 s.d sekarang Kantor Pemerintahan dipindahkan ke Jalan Tentara Pelajar Desa Babatan.
Nama-nama Kepala Desa / Kuwu dan Pejabat Sementara yang mengisi kepemimpinan di Desa Babatan :
1. Tahun 1936 : 1. Singa Permana
2. Israf
( Singa Permana menyerahkan kepemimpinan kepada
Israf ).
2. Tahun 1946 s.d 1957 : Asma Wijaya ( habis masa tugas ).
3. Tahun 1957 s.d 1964 : Sadja Atmaja ( habis masa tugas ).
4. Tahun 1964 s.d 1976 : Salkan ( habis masa tugas ).
5. Tahun 1976 : Sayuti / Juru Tulis ( Pejabat Sementara).
6. Tahun 1977 s.d 1982 : Sukanta Atmaja ( habis masa tugas ).
7. Tahun 1982 : Sayuti / Juru Tulis ( Pejabat Sementara).
8. Tahun 1983 s.d 1994 : K. Suyatna ( habis masa tugas ).
9. Tahun 1994 s.d 1995 : Yayat Nuryat / Staf Kec. ( Pejabat Sementara ).
10. Tahun 1995 s.d 2002 : Uu Sudrajat ( Meninggal masa tugas ).
11. Tahun 2002 : Wahyu / Juru Tulis ( Pejabat Sementara ).
12. Tahun 2003 s.d 2011 : Romi Andrian ( Habis masa tugas ).
13. Tahun 2011 : Uyud, S.Hut. ( Pejabat Sementara ).
14. Tahun 2012 s.d sekarang : Sunarman, S.Ag. ( s.d 2018).
